Комплексный транскриптомный анализ: от Bulk до Single-cell RNA-Seq

Программа курса

Ознакомьтесь с программой курса «Комплексный транскриптомный анализ: от Bulk до Single-cell RNA-Seq» от Gurufy - gurufy.ru

1. Дизайн биологического эксперимента и технологии подготовки библиотек для RNA-Seq - 1 час. Дизайн биологического эксперимента и технологии подготовки библиотек для RNA-Seq.
2. Первичная обработка сырых данных: контроль качества и путь от FASTQ к матрице экспрессии - 1 час. Первичная обработка сырых данных: контроль качества и путь от FASTQ к матрице экспрессии.
3. Статистический анализ bulk RNA-Seq: методы нормализации и оценка дифференциальной экспрессии генов - 1 час. Статистический анализ bulk RNA-Seq: методы нормализации и оценка дифференциальной экспрессии генов.
4. Функциональная аннотация и интерпретация результатов: анализ обогащения GO, KEGG и GSEA - 1 час. Функциональная аннотация и интерпретация результатов: анализ обогащения GO, KEGG и GSEA.
5. Основы single-cell RNA-Seq: технологические платформы, захват клеток и специфическая предобработка данных - 1 час. Основы single-cell RNA-Seq: технологические платформы, захват клеток и специфическая предобработка данных.
6. Математическое снижение размерности и алгоритмы кластеризации в анализе единичных клеток - 1 час. Математическое снижение размерности и алгоритмы кластеризации в анализе единичных клеток.
7. Идентификация клеточных типов, поиск маркерных генов и автоматизированная аннотация популяций - 1 час. Идентификация клеточных типов, поиск маркерных генов и автоматизированная аннотация популяций.
8. Траекторный анализ и моделирование динамики генной экспрессии в процессах клеточной дифференцировки - 1 час. Траекторный анализ и моделирование динамики генной экспрессии в процессах клеточной дифференцировки.
9. Интеграция мультиомиксных данных: совместный анализ и деконволюция bulk и single-cell RNA-Seq - 1 час. Интеграция мультиомиксных данных: совместный анализ и деконволюция bulk и single-cell RNA-Seq.
10. Обеспечение воспроизводимости исследований и кастомизация биоинформатических пайплайнов под научные задачи - 1 час. Обеспечение воспроизводимости исследований и кастомизация биоинформатических пайплайнов под научные задачи.

Чему вы научитесь

• Научитесь анализировать и применять: траекторный анализ и моделирование динамики генной экспрессии в процессах клеточной дифференцировки.
• Научитесь анализировать и применять: интеграция мультиомиксных данных совместный анализ и деконволюция bulk и single cell rna seq.
• Научитесь анализировать и применять: функциональная аннотация и интерпретация результатов анализ обогащения go, kegg и gsea.
• Освоите и сможете применять: математическое снижение размерности и алгоритмы кластеризации в анализе единичных клеток.
• Освоите и сможете применять: первичная обработка сырых данных контроль качества и путь от fastq к матрице экспрессии.